Oltre alla mano del primo copista ci sono correzioni fatte da altre mani alcune, probabilmente, contemporanee al testo originale altre riguardano annotazioni liturgiche successive o le Sortes Sanctorum, formule sacre utilizzate per attrarre la fortuna; tutte queste aggiunte sono importanti per tracciare la storia del manoscritto.
Poi il mistero più fitto sembra essere calato sul manoscritto e per un periodo di ben sette secoli, dalla fine del IX al XVI secolo, l'oscurità sembra essersene impadronita avvolgendolo nel suo scuro manto. Beza stesso sosteneva, nella sua lettera di accompagnamento all'Università di Cambridge che, il prezioso codice, era stata sottratto all'oblio, durante la guerra contro gli Ugonotti del 1562, dal monastero di sant'Ireneo a Lione, dove, sempre a suo dire, era rimasto a coprirsi di polvere.
Da una nota del libro su san Gerolamo, opera del vescovo di Amelia,
MARIANO VITTORI, (1566), è noto che, nel marzo 1547 e nella sessione
di Bologna, il codice era stato usato anche al Concilio di Trento da
WILLIAM DUPRÉ, vescovo di Clermont in Auvergne, per
confermare una lezione latina del vangelo del papa GIOVANNI
XXI ("si eum volo manere") relativa al celibato
e che si trova soltanto nel testo greco di questo codice.
Nel 1550 è stato parzialmente utilizzato nella Edizio Regia dello STEFANUS
ed, infine, nella varie edizioni del Nuovo Testamento (1582, 1589 e
1598) di Teodoro di Beza. [4]
Dopo la donazione all'Università di Cambridge, il codice è stato studiato
nel 1583 dall'arcivescovo JOHN WHITGIFT e la sua, peraltro scarsa, traduzione
è conservata, dal 1604 presso il Trinity College.
Agli albori della prima critica sui testi del Nuovo Testamento furono
fatti degli studi (JEAN LECLERC, 1689 - RICHARD SIMON, 1689 - RICHARD
BENTLEY, 1691) e furono preparate collazioni del codice: nel 1657 ad
opera dell'arcivescovo JAMES USHER per la London Polyglot Bible di BRIAN
WALTON; nel 1707, dopo la sua morte, apparve l'opera del dr. JOHN MILL
per il Novum Testamentum Graecum; nel 1732/33 quella di JOHN DICKINSON
e, infine, la migliore traduzione di quell'epoca, nel 1716, ad opera
di JOHANN JAKOB WETSTEIN.
Nonostante l'interesse manifestato da altri importanti critici (JOHANN
ALBRECHT, JOHANN SALOMO SEMLER, JOHANN DAVID MICHAELIS, JOHANN JAKOB
GRIESBACH, CHRISTIAN FREDERCK MATTHAEI) con le loro dotte dispute sulla
latinizzazione, l'origine e la provenienza del codice, ecc., l'effettiva
conoscenza pubblica del codice avvenne solo quando l'Università
di Cambridge commissionò a THOMAS KIPLING l'incarico di preparare un'edizione
economica del codice di Beza ad uso degli studenti ed il Decano di Peterborough
fece una trascrizione completa del manoscritto, per la quale gli occorsero
ben cinque anni di lavoro, e l'opera venne infine pubblicata in due
volumi in folio nel 1793.
Per quanto concerne la stampa, quella del Kipling, fu, per l'epoca, un'opera unica, in quanto i caratteri mobili usati dal tipografo furono predisposti in modo tale da ravvicinarsi il più possibile ai caratteri veri, reali dell'opera stessa, in forma, dimensioni e spaziatura del testo.